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千鸟

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日志

 
 

化学数据分析利器 jchem笔记2: 分子结构基本查询  

2007-04-01 17:29:16|  分类: J2EE |  标签: |举报 |字号 订阅

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   jchem在化学界是个有名的,基于java的数据分析工具.中文的相关资料几乎=0. 锻炼一下自己英语吧.

   jchem这个主题的东西学多少,就写多少吧.估计没人会看,当成临时的笔记吧.也许n久后有某个java programer 在苦苦研究jchem,也许可以对其入门有点帮助

   下面是根据文档写了个小小的例子,和项目要求的还差的远...

 

/*
 *

auther soulnew@gmail.com
 **/
package ecom;
import  chemaxon.util.ConnectionHandler;
import  chemaxon.jchem.db.JChemSearch;
import  java.sql.Connection;
import  java.sql.ResultSet;

class TryJchem{
 
 ConnectionHandler conhand=null;
 JChemSearch searcher=null;
 String structureTableName="ddddd";  //表的名字自己定,但是结构必须符合jchem的规范,才能进行查询分析
 String mol = "B(BBBC1(BB1)c2ccccc2)BBC3BB3";
 /*build TryJchem
  **/
 public TryJchem(){
   
    getConn();
    buildSearch();

 } //end TryJchem();
 
 public static void main(String arg[]){
  TryJchem tj=new TryJchem();
  try{
   
     System.out.print(tj.getTempTable().getString(1));
   
  }catch(Exception e){
   System.out.print("error in get tables");
  }
  
 // tj.closeConn();
 }
 
 
 /*
  * getConn
  **/
 public void getConn(){
  DataType dt=new DataType();
 
  if(dt.canUse()){
     conhand=new  ConnectionHandler();
     conhand.setDriver(dt.getDriver());
    
     conhand.setUrl(dt.getUrl());
    // conhand.setpro
     conhand.setLoginName(dt.getName());
     conhand.setPassword(dt.getPass());
    
    
     try {
             conhand.connect();
           } catch(Exception e){
              System.out.print("cant conn\n");
           }
  } //end if
  
 }
 /*
  * close connection
  **/
  public void closeConn(){
   try{
    if(conhand!=null){
     conhand.close();
    }else{
     System.out.print(" connection is error\n");
    }
    
   }catch(Exception e){
    System.out.print("failed on close connection\n");
   }
  }
  /*
   * build searcher
   */
   void buildSearch(){
    
    searcher=new JChemSearch();
    
        searcher.setQueryStructure(mol);
        searcher.setConnectionHandler(conhand);
        searcher.setStructureTable(structureTableName);
        searcher.setSearchType(JChemSearch.SUBSTRUCTURE);
        try{
         searcher.run();
        }catch(Exception e){
         System.out.print("build search error");
        }
       
        while(searcher.isRunning()) {
        String msg = searcher.getProgressMessage();
        int count = searcher.getResultCount();
        int lastId = searcher.getCurrentId();
        try{
            Thread.sleep(2000);// Displaying
            System.out.print("sleep\n");
        }catch(Exception e){
           System.out.print("sleep error");
        }                      
       
         }
         searcher.setResultTable("temp");    
        
          System.out.print(searcher.getResultTable()); 
       }
      
      /*
       * try to get someting from temp tables;
       */
       ResultSet getTempTable(){
       datacon data=new datacon();
       ResultSet rs= data.select("select cd_id from newscaffold");
       try{
  rs.next();
  System.out.print(rs.getString("cd_id")); 
  }catch(Exception e){
   System.out.print("error in ResultSet\n");
  }
  
       
       data.close();
       return rs;
      }
  
}

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