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千鸟

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我的毕业论文  

2008-06-14 18:19:11|  分类: J2SE |  标签: |举报 |字号 订阅

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题目是 基于生物网络软件Cytoscape的化学信息延展
下载地址:http://soulnew.googlepages.com/cytoscape.doc
      导师给了98分,感到相当惭愧。是关于用java 的swing 实现的计算机药物辅助设计,中科院上海药物所的药物合成化学组的PD. Xiong  提出软件需求,以及推荐相关化学信息软件库,由我整体设计还有编码实现,它的名字就是DrugViz。把DrugViz写成论文,拿回学校给我们电子系的导师们都看,实在有点对不住他们在电子硬件上的渊博知识,相当惭愧呀。
      我一向颇懒,我觉得毕业答辩什么的放我过掉就ok了。在药物所的的导师PD. Xiong  认为用于描述自己精心提出系统的论文,说怎么也得评个优吧。回来后,学校导师也觉得的很容易做的内容拿个优,于开始辛苦挤论文,做ppt,写工作日志,懒人就这样被调动了起来。


1  绪论 1

1.1  课题背景   1

1.1.1  生物信息学的发展 1

1.1.2  当前生物网络研究是热点   1

1.2  课题内容  开发Cytoscape 的插件 DrugViz 3

1.2.1  代谢组学、化学基因组学的研究内容和研究方法   3

1.2.2  设计的DrugViz的意义 3

2  相关技术的介绍   5

2.1  Java在科学软件中广泛应用   5

2.2  GUI关键技术:Java Swing 5

2.1.1  Swing体系结构    5

2.1.2  Swing层次结构    6

2.2 生物信息软件库和Cytoscape   6

2.2.1  生物信息平台Cytoscape    6

2.2.2  化学信息学软件库CDK  7

2.2.3  化学信息学软件库JChemPaint   9

2.3  eclipse开发本系统   10

2.3.1  eclipse简要介绍  10

2.3.2  Jigloo GUI Builder开发GUI   10

3  DrugViz实现的功能分析    11

3.1  用户需求分析   11

3.2  流程图设计 12

4  DrugViz 的设计与实现 14

4.1  java常用设计模式   14

4.2  DrugViz的设计模式  15

4.2.1  本系统用到的java模式设计    15

4.2.2  模式设计的实现   17

4.3  DrugViz主要模块的详细设计  18

4.3.1  聚类(Cluster)的使用  18

4.3.2  显示分子结构 23

4.3.3  进入编辑器界面   25

4.3.4  化学结构搜索 26

4.3.5   最短路径(target  33

4.3.6  最短路径 34

4.3.7  Bind target  37

4.3.8  Bind drug    39

4.4. 调试  测试 40

4.4.1  JUnit 概述   40

4.4.2  测试方法 41

5  DrugViz的部署    44

5.1  安装,配置java环境 44

5.2  安装CytoscapeDrugViz    44

6  总结 45

参考文献    46

致谢    47

附录    48

附录1  文件格式 48

附录2  下载安装:   48

附录3  DrugViz 截图 48

 

. 48


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